空间转录组技术用于免疫治疗的研究与展望
现有的空间转录组检测技术主要有基于原位（in situ）高分辨率的SeqFISH，MERFISH，ISS技术和基于空间Barcode标记的高通量ST（Spatial transcriptomics）技术。其中，Visium空间转录组技术是ST技术的升级版，通过使用空间条形码的脱氧核苷酸微阵列，能够对完整组织切片中的转录组进行定量可视化和分析。http://img76.mtnets.com/5/20210323/637521166732739132837.png 图1 Visium空间基因表达解决方案
Visium空间基因表达解决方案与代ST技术相比，具有更强的功能，例如更高的分辨率和更高的灵敏度。通过10× Genomics提供的分析工具可将基因表达数据映射到 H&E 图像上，用 RNA 表达和形态学特征来表征组织，从而获得组织切片完整的生物学图谱。此外，还可将空间转录组与单细胞转录组整合分析，在识别不同细胞群的同时保留空间背景，提供组织微环境中细胞功能、表型和位置关系的关键信息。
http://img76.mtnets.com/5/20210323/637521166736483156837.png 图2 Visium空间基因表达解决方案流程
http://img76.mtnets.com/5/20210323/637521166741475188762.png 图3 组织样本中低氧梯度可视化展示
展望 尽管Visium在市场上相对较新，但10x Genomics最近发布了一种新的产品，允许IF染色而不是常规的H＆E染色。通过以这种方式将全转录组分析与蛋白质检测相结合，研究人员可以通过同时显示共定位的蛋白质和基因表达来在组织内空间定位细胞种群及其基因表达谱。通过不断的改进，Visium技术具有巨大的潜力，可以为免疫疗法的改进和升级提供强有力的数据基础。
参考文献：Nerurkar, S.N.; Goh, D.; Cheung, C.C.L.; Nga, P.Q.Y.; Lim, J.C.T.; Yeong, J.P.S. Transcriptional Spatial Profiling of Cancer Tissues in the Era of Immunotherapy: The Potential and Promise. Cancers 2020, 12, 2572. 收藏
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